P. guttatus có chiều dài cơ thể tối đa được ghi nhận là 9 cm[3]. Cơ thể có màu đỏ nâu sẫm. Khác với Pteragogus cryptus, P. guttatus có đầu lõm (nhìn nghiêng) thay vì phẳng như P. cryptus. Số lược mang của P. guttatus cũng nhiều hơn của P. cryptus. Có 5 đốm màu nâu sẫm rõ rệt xếp thành hàng trên đường bên (các đốm này có thể xuất hiện trên thân của P. cryptus, nhưng không hiện rõ)[3].

Số gai ở vây lưng: 10; Số tia vây ở vây lưng: 9–10; Số gai ở vây hậu môn: 3; Số tia vây ở vây hậu môn: 9; Số gai ở vây bụng: 1; Số tia vây ở vây bụng: 5[3].